En önemli dezavantaj;"güven ve gerekli koordinasyon teşekkül ettirilemediğinde ortaya çıkacaktır." Güven konusu sanal şirketler için en önemli hususlardan biridir. Çünkü sanal şirketler belli amaçları gerçekleştirmek için geçici ittifak niteliklerini de taşımaktadırlar. Sanal ortamda ortakların her zaman bir araya gelmesi mümkün olmayabilir.