Marduk, grubun şu anki gitaristi Morgan Hakansson tarafından 1990 yılında İsveç'te kuruldu. Bu arada Morgan, gruba sümer mitolojisindeki günah tanrısı anlamına gelen "Marduk" ismini de koyan kişiydi. Bassta B-War, Davul ve Vokal'de Joakim af Gravf, ikinci gitarda Dave Andersson ve klavyede Emil Dragutinovic ile karanlık savaş başlamış oldu.
Marduk ilk olarak 1991 yılında "F... me Jesus" adlı demosunu çıkardı. Bu kayıt, grup için iyi bir başlangıç oldu ve tüm kopyalar kısa zamanda satıldı. Çalışma; "F... me Jesus", "Departure From The Mortal", "The Black", "Within the Abyss" ve "Shut Up and Suffer" isimli parçaları içeriyordu.
1992 yılında Marduk büyük bir atılım yaparak "Darkendless" albümünü piyasaya sürdü. Grup, artık Black Metal piyasasında pastanın en büyük dilimlerinden birini alacağının sinyallerini vermeye başlamıştı. Demoda bulunan "The Black" ve "Within the Abyss" parçalarının da yer aldığı bu albümü 1993'te "Those Of The Unlight" adlı yeni bir çalışma izledi. "Wolves", "On Darkened Wings" gibi kitle tarafından dinlenmesinden bıkılmayan yapıtların yer aldığı albüm büyük beğeni toplamıştı. "Those Of The Unlight"ta ayrıca; "Darkness Breeds Immortality", albümle aynı adı taşıyan "Those of the Unlight", "Burn My Coffin", "A Sculpture of The Night", "Echoes Fform The Past" ve "Stone Stands It's Silent Vigil" şarkıları da bulunuyordu.
1994 yılında bir albüm daha piyasaya sürüldü. "Opus Nocturne" adını taşıyan bu albüm ile turnelere çıkıldı, konserler verildi. Marduk, black metal camiasında tanınan en büyük gruplardan biri durumuna gelmişti. Daha sonra 1996 yılında "Glorification" ve "Heaven Shall Burn When We Are Gathered" adlı iki kayıt daha dinleyenlere sunuldu. İkinci çalışma, cover özelliği taşıyordu. "Glorification of The Black God" ile başlayan albüm, Alman thrash metal grubu Destruction'ın ünlü parçası "Total Disaster" ile sürüyor, Piledriver düzenlemesi olan "Sex with Satan" ile dinleyiciyi kendinden geçiriyordu. Bu albümlerle Marduk underground piyasasında değeri tartışılamayacak gruplardan biri olmuştu.
Grup bir süre sonra kadrosunu yeniledi. Tüm gitarları Morgan üstlenirken, davul vokal yapan Joakim af Gravf gruptan ayrıldı. Yerine, Marduk'un yoluna güçlenerek devam etmesini sağlayacak olan bir ikili dahil oldu. Davula Fredrik Andersson (Drums of Doom), vokale ise Legion (Mouth of Satan) geldi. Bu kadro Marduk'a çok fazla şey kattı. Eski tarzlarını aşarak daha çok sevilmeye başladılar.
1997'de grup, Avrupa turnelerinden Almanya konserini albüm yaptı. "Live in Germania", son derece iyi düzenlenmişti ve gördüğü büyük ilgi, özenli bir çalışmanın karşılığı niteliğindeydi. 1998 yılına gelindiğinde, Marduk, başarısını bir kez daha kesin olarak ispatladığı "Nightwing" ve "Here Is No Peace" çalışmalarıyla dinleyenlerinin karşısındaydı.
Daha sonra 1999 da "Obedience" ve "Panzer Divison Marduk" piyasaya sürüldü. Aynı yıl "La Grande Danse Macabre" adında bir de EP çalışması dinleyicilere sunuldu. EP'nin içinde "Obedience"," Funeral Bitch" ve "Into Crypts of Rays" isimli şarkılar bulunuyordu. 2000 yılında Marduk, Abyss Stüdyolarında eski tarzından biraz uzak ama yine de kalitesine yakışır bir albüm kaydetti. "La Grande Danse Macabre" isimli bu çalışmayı 2003 yılında çıkarılan "World Funeral" albümü izledi