İdare organının yargı organından ayrılmasında da bir mesele yoktur. Anayasamızın 9’uncu maddesine göre, “yargı yetkisi, Türk milleti adına bağımsız mahkemelerce kullanılır”. Burada “bağımsız mahkemeler ” ifadesinin altını çiziyoruz. Çünkü, bu ifade yargı organının tanımını bize vermektedir. “Bağımsız mahkemeler” ifadesinde geçen “mahkemeler” kelimesinin çoğul bir kelime olduğuna dikkat edilmelidir. Yani yargı organı, yasama organının tersine tek bir organ olmayıp, birçok mahkemeden oluşmuş bir “organlar topluluğu”dur[8]. Yargı organının hangi mahkemelerden oluştuğu idarî yargı kitaplarında incelenir. Diğer yandan yargı organının asıl ayırt edici özelliği, bu organı oluşturan mahkemelerin bağımsız olmalarıdır. Anayasamızın 138 ve 139’uncu maddeleri göz önünde tutularak bağımsız mahkemeler şöyle tanımlanabilir: Bağımsız mahkemeler, hiçbir organ, makam, merci veya kişi tarafından yargı yetkisini kullanırken kendilerine emir ve talimat verilemeyen, genelge gönderilemeyen, tavsiye ve telkinde bulunulamayan (m.138/2), kararları yasama ve yürütme organlarını bağlayan, kararları bu organlarca hiçbir surette değiştirilemeyen ve yerine getirilmesi geciktirilemeyen (m.138/4) görevlerinde bağımsız (m.138/1) ve teminatlı hâkimlerden (m.139) meydana gelen kuruluşlardır[9].
Yargı organı bu şekilde tanımlanırsa, onu idare organından ayırmak kolaydır. Zira, yargı organı bağımsız hakimlerden oluşur. İdare ise, hiyerarşi veya vesayet yetkisine tâbi kamu görevlilerinden oluşur. Türkiye’de yargı organı ile idare organı arasında kural olarak bir karışma yoktur. Burada tek problem askerî yargı alanında vardır. Askerî mahkemelerdeki subay üyeler aynı zamanda askerî idarenin bir memuru durumundadırlar. Bu nedenle askerî idare ile askerî yargıyı birbirinden ayırmakta muğlaklık vardır. Özellikle askerî yargının disiplin mahkemeleri alanında, tam anlamıyla “idare” ile “yargı” iç içe geçmiştir. Ayrım çok zordur. Çünkü aynı kişi hem idarenin bir elemanı, hem de disiplin mahkemesinde başkan veya üyedir.
Yargı organı bu şekilde tanımlanırsa, onu idare organından ayırmak kolaydır. Zira, yargı organı bağımsız hakimlerden oluşur. İdare ise, hiyerarşi veya vesayet yetkisine tâbi kamu görevlilerinden oluşur. Türkiye’de yargı organı ile idare organı arasında kural olarak bir karışma yoktur. Burada tek problem askerî yargı alanında vardır. Askerî mahkemelerdeki subay üyeler aynı zamanda askerî idarenin bir memuru durumundadırlar. Bu nedenle askerî idare ile askerî yargıyı birbirinden ayırmakta muğlaklık vardır. Özellikle askerî yargının disiplin mahkemeleri alanında, tam anlamıyla “idare” ile “yargı” iç içe geçmiştir. Ayrım çok zordur. Çünkü aynı kişi hem idarenin bir elemanı, hem de disiplin mahkemesinde başkan veya üyedir.