İdare hukukunun anayasa hukuku karşısında bağımsızlığı sorunu esasen Danıştayın Anayasa Mahkemesi karşısındaki bağımsızlığı sorununa bağlıdır. Zira, idare hukukunun kuralları nihaî tahlilde Danıştay, anayasa hukukunun kuralları Anayasa Mahkemesi tarafından müeyyidelendirilmektedir. İlk derece idare mahkemelerinin kararları Anayasa Mahkemesinde değil, Danıştayda temyiz edilerek kesin hüküm hâline gelirler. Anayasa Mahkemesi ne ilk derece idare mahkemelerinin bir üst mahkemesi, ne de Danıştayın üstünde yer olan bir “süper mahkeme”dir. İdare mahkemelerinin temyiz edilmeden veya temyiz edildikten sonra kesin hüküm hâline gelen kararları üzerinde Anayasa Mahkemesinin yapabileceği bir şey yoktur. Anayasa Mahkemesi kararları, kesin hüküm hâline gelmiş bir idare mahkemesi kararı üzerinde hiçbir şekilde hiçbir etkiye sahip değildir. Danıştay ile Anayasa Mahkemesi arasında sadece görev uyuşmazlığı bakımından bir “hiyerarşi” vardır (Anayasa, m.158/son). Başka bakımlardan bir hiyerarşi yoktur. Danıştay da, Anayasa Mahkemesi gibi, kararları kesin hüküm gücüne sahip bir yüksek mahkemedir. Dolayısıyla Anayasa Mahkemesi ile Danıştay arasında içtihat uyuşmazlığı her zaman çıkabilir. Bu uyuşmazlıklarda Anayasa Mahkemesinin kararının esas alınacağına ilişkin bir kural yoktur; keza bu uyuşmazlığı giderecek bir “içtihadı birleştirme” usûlü de yoktur. Bu şu anlama gelir ki, Danıştay, bir yüksek mahkeme olarak Anayasa Mahkemesi karşısında tamamıyla bağımsızdır. O nedenle Danıştayın kararıyla müeyyidelen-dirilen idare hukuku kurallarının Anayasa Mahkemesinin kararlarıyla müeyyidelendirilen anayasa hukuku kurallarından farklı olma ihtimali her zaman vardır.
Şüphesiz ki, Anayasa Mahkemesinin iptal ettiği kanun ortadan kalkar. Bu nedenle Anayasa Mahkemesinin iptal kararı Danıştayı bağlar. Danıştay Anayasa Mahkemesinin iptal ettiği kanunu yürürlükte sayıp o kanuna dayanarak bir karar veremez. Ancak Anayasa Mahkemesi iptal kararı vermemiş ise, Anayasa Mahkemesinin bir kanun hakkında yaptığı yorum Danıştayı bağlamaz. Danıştay yürürlükteki kanunları bir yüksek mahkeme olarak, bir başka mahkemenin istediği gibi değil, kendi istediği gibi yorumlama hak ve yetkisine sahiptir. Bu nedenle, Anayasa Mahkemesinin görüş ve yorumlarının Danıştayı bağladığı söylenemez. Diğer bir ifadeyle, Danıştay Anayasa Mahkemesinin iptal ettiği kanuna dayanarak karar veremese de, Anayasa Mahkemesinin diğer kararlarından ve özellikle kararlarının gerekçe kısımlarında yaptığı yorumlardan etkilenmez. Bu şu anlama gelir ki, idare hukukunun Anayasa hukukundan bağımsız olması, belli bir konuda anayasa hukuku alanında şöyle bir kural, idare hukuku alanında böyle bir kural olması ihtimal dahilindedir. Yargı ayrılığı sistemine sahip bir ülkede bunu gidermenin, hukukta birliği sağlamanın bir yolu da yoktur. Zaten bu mümkün olsa “ortak hukuk (common law)” sistemi ortaya çıkmış olur. Bunu yapmanın tek yolu ise ülkede tek bir yüksek mahkemenin bulunmasından geçer. Birden fazla yüksek mahkeme oldukça birden fazla hukuk ve kaçınılmaz olarak bunlar arasında çelişkiler de olacaktır.
Şüphesiz ki, Anayasa Mahkemesinin iptal ettiği kanun ortadan kalkar. Bu nedenle Anayasa Mahkemesinin iptal kararı Danıştayı bağlar. Danıştay Anayasa Mahkemesinin iptal ettiği kanunu yürürlükte sayıp o kanuna dayanarak bir karar veremez. Ancak Anayasa Mahkemesi iptal kararı vermemiş ise, Anayasa Mahkemesinin bir kanun hakkında yaptığı yorum Danıştayı bağlamaz. Danıştay yürürlükteki kanunları bir yüksek mahkeme olarak, bir başka mahkemenin istediği gibi değil, kendi istediği gibi yorumlama hak ve yetkisine sahiptir. Bu nedenle, Anayasa Mahkemesinin görüş ve yorumlarının Danıştayı bağladığı söylenemez. Diğer bir ifadeyle, Danıştay Anayasa Mahkemesinin iptal ettiği kanuna dayanarak karar veremese de, Anayasa Mahkemesinin diğer kararlarından ve özellikle kararlarının gerekçe kısımlarında yaptığı yorumlardan etkilenmez. Bu şu anlama gelir ki, idare hukukunun Anayasa hukukundan bağımsız olması, belli bir konuda anayasa hukuku alanında şöyle bir kural, idare hukuku alanında böyle bir kural olması ihtimal dahilindedir. Yargı ayrılığı sistemine sahip bir ülkede bunu gidermenin, hukukta birliği sağlamanın bir yolu da yoktur. Zaten bu mümkün olsa “ortak hukuk (common law)” sistemi ortaya çıkmış olur. Bunu yapmanın tek yolu ise ülkede tek bir yüksek mahkemenin bulunmasından geçer. Birden fazla yüksek mahkeme oldukça birden fazla hukuk ve kaçınılmaz olarak bunlar arasında çelişkiler de olacaktır.